Het Mendelcollege is een school met een lange en rijke traditie. De geschiedenis van het Mendelcollege begint in 1947, als de paters Augustijnen van het Triniteitslyceum een dependance stichten. Deze dependance wordt in 1953 verzelfstandigd tot het Mendelcollege. De school valt onder het bestuur van de Thomas a Villanova Stichting en wordt in 1976 overgedragen aan een lekenbestuur.
Op 1 januari 1985 start een nieuwe fase van het Mendelcollege, als de bestuurlijke fusie met de Scholengemeenschap Alwin een feit wordt. De Scholengemeenschap Alwin komt voort uit een fusie tussen de in 1939 gestichte Jeroen Mavo, de in 1919 gestichte Lucia Mavo en de in 1951 gestichte Don Bosco Leao.
Het Mendelcollege zoals dat nu bestaat stamt uit 1993, als het Mendelcollege, de Alwinmavo en de (protestants christelijke) Eikenhofmavo (gesticht in 1915) fuseren tot de Interconfessionele (rk/pc) scholengemeenschap.

De ideeën van Augustinus leidden en leiden de onderwijskundige opvattingen van het Mendelcollege.
Paters Augustijnen willen van oudsher de wetenschap en het geloof combineren. Naast het geloof werd en wordt door hen het leren en onderwijzen van groot belang geacht. Binnen hun onderwijs-ideeën is de verhouding tussen de leerling, de ouders en de school wezenlijk.