De schoolleiding van het Mendelcollege is verantwoordelijk voor het te voeren beleid van de school. Zij heeft hiervoor, via de rector, een ruim mandaat van het Stichtingsbestuur. De schoolleiding bestaat uit:

Rector dhr. drs. H.A. Nijdeken:
- Algemeen beleid 
- Identiteit 
- Financiën, beheer, organisatie 
- Personeel (beleidsmatig, planning, formatie, aannamebeleid) 
- Externe betrekkingen

Conrector mw. J.F.L. de Peuter (links op foto): 
- Onderwijs onderbouw en vmbo/t 
- Tweetalig onderwijs 
- ICT en leermiddelen
- Leerlingbegeleiding 
- Kwaliteit
- PR en werving 
- Niet-lesgebonden activiteiten

Conrector en plv. rector mw. drs. M.C. Overpelt (rechts op foto): 
- Onderwijs bovenbouw gymnasium, atheneum en havo 
- Personeel (IPB, verzuimbeleid, personeelszorg) 
- Roosterzaken 
- Examen 
- Mediatheek